הסמינר השנתי הוא מפגש המרכז את כל פעילויות הל"ה לנקודת זמן משותפת. אחת לשנה מקיימת הל"ה סמינר סוף שבוע בו משתתפים נציגים של קבוצות ועדי הורים אתם עבדנו במהלך כל השנה. הסמינר נועד בעיקר ללימוד עמיתים בין הפעילים וקבוצות ההורים השונות של הארגון בכל רחבי הארץ. עולים, ותיקים , ערבים ויהודים, מרכז ופריפריה. כאמור רוב הציבור מורכב מנציגי ועדים, הורים, מתנדבים ופעילים מקומיים. התוכן של הסמינר נקבע בהתאם לאתגר שעולה ומעסיק במהלך השנה את רוב הקבוצות, בהתאם לסוגיות שעלו בשיחות ובמפגשים. במידת הצורך העמותה מעדכנת את ההורים בנושאים חשובים שזוהו על ידה. הנושאים כולם עוסקים בחינוך, כגון: מעורבות הורים – בתכניות ותכני הלימוד, הזכות לתעודת בגרות, תרבות הבית ותרבות בית הספר וכדומה. במהלך סופשבוע כזה, מתקיימות הרצאות וסדנאות מקצועיות וכן לימוד עמיתים בין הקבוצות השונות המשתתפות בסמינר.

ארגון הל"ה ערך סמינרים משנת 1994 בנושאים מגוונים.
דוגמאות לסמינרים משנים קודמות:
סמינר סופשבוע ב- 2008 התקיים תחת הכותרת: "מה לומדים בבתי-הספר – מתכנית לימודים ממלכתית לסופרמרקט של תכניות" והתמקד בתכנית הליבה ובתכניות הלימודים הנוספות (תכניות ההעשרה) הנלמדות בבתי-הספר.

בשנת 2009 נושא סמינר סוף השבוע היה "מניעת אלימות במוסדות חינוך". למשתתפים הוצג חוזר מנכ"ל חדש שפרסם משרד החינוך בנושא והתקיים פנל בו הוצגו אלטרנטיבות ומודלים למניעת אלימות ברמה יישובית, בית-ספרית, כיתתית ואישית.

בשנת 2010 הסמינר התמקד ב"תשלומי הורים, תקציבי בית-ספר ומשאבים קהילתיים לחינוך".

סמינר הל"ה 2016 עסק בנושא – 'טכנולוגיה במערכת החינוך-ברכה או קללה?'. הכוונה היא כיצד הורים צריכים ויכולים להתמודד מול גל הטכנולוגיה השוטף את בתי הספר והבתים שלנו. האם מערכת החינוך תשתפר בעקבות הכנסת טאבלטים ומחשבים בכל כיתה או שמא היא תפסיד? מי משלם על המכשירים האישיים הללו? וכיצד הורים יכולים להתמודד עם הנעשה ברחבי הרשת בין תלמידים לעצמם ובינם לבין מורים ואנשים אחרים? הורים רבים אינם מכירים את הטיעונים בעד ונגד סוגיות אלו וכלן עלה הצורך לקיים דיון מפרה בתחום זה.